Seit seiner Gründung im Jahr 1990 betreut das Museum Moderner Kunst Wörlen die umfangreiche Kunstsammlung der Stiftung Wörlen, die im Kern über 1500 Arbeiten von Georg Philipp Wörlen (1886-1954) und zahlreiche Werke seiner Freunde aus den Künstlergemeinschaften „Der Fels“ und „Donau-Wald-Gruppe“ umfasst. Ab August 2022 präsentiert das Museum längerfristig im ersten Stock des Gebäudes neben einigen Dauerleihgaben – darunter drei der berühmten „Mannequin-Migofs“ von Bernard Schultze – ausschließlich Werke aus der Sammlung. So wird zum einen die Sammlung der Stiftung Wörlen im Museum sichtbar und ihre Bedeutung für die Region vergegenwärtigt; zum anderen erlaubt dies dem Publikum sowohl Begegnungen mit altbekannten und geliebten Werken als auch die Entdeckung neuer Schätze.
Gezeigt werden zarte, zum Teil kolorierte Zeichnungen von Alfred Kubin und Otto Modersohn mit Widmungen an Georg Philipp Wörlen, ebenso wie erlesene Grafiken von Franz von Stuck, Paula Deppe, Paula Modersohn-Becker und Egon Schiele. Die Künstler der „Donau-Wald-Gruppe“ sind mit Frauenbildern, Tier- und Landschaftsdarstellungen vertreten, welche in der Motivwahl ihre Gruppenzusammengehörigkeit und im heterogenen Stil ihre Individualität vor Augen führen.
Den Sammlungskern mit Werken des Expressionismus und der Neuen Sachlichkeit ergänzten im Lauf der Zeit außerdem Grafiken, Fotografien, Skulpturen und teils großformatige Gemälde von zeitgenössischen Künstlern, wie Christian Ludwig Attersee, Franz Bernhard, Max Bill, Jürgen Brodwolf, Sandro Chia, Gunter Damisch, Karl Ehlers, Lothar Fischer, Bernhard Heiliger, Evelyn Hofer, Alfred Hrdlicka, Dirk Hupe, Gudrun Kemsa, Astrid Lowack, Zoran Mušič, Josef Pillhofer, Mel Ramos, Erwin Reiter, Dieter Roth, Emil Schumacher, Anton Stankowski, Hans Staudacher, Antoni Tàpies, Günther Uecker, Hannsjörg Voth und Fritz Wotruba. Mit Werken aller Gattungen vertreten sind außerdem die in der Region ansässigen Künstler, darunter Sepp Auer, Waltraud Danzig, Hubert Huber, Rudolf Klaffenböck, Franz Stanislaus Mrkvicka, Pia Mühlbauer, Arnulf Rainer, Annerose und Alois Riedl, Karl Schleinkofer und Patrick Schmierer.
Die Präsentation ist nicht streng chronologisch, folgt aber dennoch Raum für Raum den Jahrzehnten mit ihren Kunstströmungen und hält für das Publikum diverse Überraschungen bereit.