Im Herzen der Bamberger Altstadt, in einem über 300 Jahre alten ehemaligen Jesuitenkolleg, befindet sich das Naturkundemuseum, das außergewöhnliche Exponate aus der Biologie und Geologie zeigt. Besonders hervorzuheben ist der „Vogelsaal“, der aus einem historischen Naturalienkabinett hervorging und um 1810 eingerichtet wurde. Dieser beeindruckende Raum gehört zu den ältesten und schönsten naturkundlichen Sälen weltweit. In den reich verzierten Vitrinen werden mehr als tausend farbenprächtige Vogelpräparate sowie historische Tier- und Pflanzenpräparate, Fossilien, Mineralien, Wachsfrüchte und einige der berühmten Würzburger Lügensteine (gefälschte Fossilien) ausgestellt. Ein wahres „Museum im Museum“, das den Besucher:innen in die Naturwelten von vor über 200 Jahren eintauchen lässt.
Die Dauerausstellungen und die Multimediaschau des Naturkundemuseums widmen sich einer Vielzahl von meist regionalen naturkundlichen Themen. Besonders bemerkenswert sind die hervorragend erhaltenen Fossilien aus den eigenen Ausgrabungen des Museums, die spannende Einblicke in die Zeit geben, als Franken noch ein tropisches Klima hatte – vor etwa 154 Millionen Jahren.
Zudem bieten wechselnde Sonderausstellungen regelmäßig neue Einblicke in faszinierende Aspekte der Natur. Hierbei werden sowohl biologische als auch geowissenschaftliche Themen aufgegriffen, oft mit aktuellem Bezug.