Am 29. Oktober 1922 wurde das Naturkundemuseum Erfurt im "Haus zum Stockfisch" in der Johannesstraße aus der Taufe gehoben. Seine Gründungsväter waren seit 1919 in einer Arbeitsgemeinschaft Gleichgesinnter vereint, allen voran der Lehrer und Entomologe Otto Rapp (1878 - 1953). In der Ausstellung versuchte man Pflanzen und Tiere in ihren Wechselbeziehungen zur Umwelt darstellen. Die Art der Präsentation fand viel Anklang und Beachtung - auch außerhalb Erfurts.
Die Entwicklung wurde durch den zweiten Weltkrieg jäh unterbrochen. 1943 wurden die meisten Bestände in fünf umliegende Dörfer ausgelagert. Alle anderen Sammlungsstücke fielen am 11. November 1944 einer Luftmine zum Opfer.
Bis zum Jahr 1952 gab es keinen fest angestellten Mitarbeiter. Otto Rapp, der Gründer der Arbeitsgemeinschaft, war von 1919 bis zu seinem Tote 1953 unermüdlich ehrenamtlich am Museum tätig. Die folgenden Jahre der Stagnation endeten 1968 mit der Schließung des Hauses.
Nach Abriss des Depotgebäudes und nach Ankündigung, dringende Rekonstruktionsarbeiten am "Haus zum Stockfisch" machen zu müssen, wurden die erhaltenen Exponate erneut ausgelagert und hatten eine Odyssee durch feuchte Keller, zugige Lagerräume, verdreckte Dachböden und eine offen stehende Kirche vor sich. Die so entstandenen Schäden übertrafen die Kriegsverluste bei weitem.
Ohne ein existierendes Museumsgebäude wirkten seit 1980 wieder drei Mitarbeiter im sogenannten Pfründnerhaus am Volkskundemuseum in äußerst beengten Räumen. In diesen "Mönchszellen" entstand nicht nur das Drehbuch für das neue Haus, sondern hier geschah auch das mühevolle Zurückführen und Säubern des Museumsinventars.
Für den Neuanfang bedurfte es der politischen Wende. Der Erfurter Rat beschloss den Neuaufbau des Naturkundemuseums in der Ruine des Waidspeichers in der "Großen Arche". Nach 27 Jahren der Schließung öffnete das neue Naturkundemuseum in Erfurt am 4. März 1995 wieder seine Pforten.